تهدف الهيئة بالتنسيق والتعاون مع الجهات ذات العلاقة إلى تحقيق الآتي:
1. العمل على حماية البيئة وصحة الإنسان وممتلكاته من أخطار التلوث والتعرض للإشعاعات المؤينة وفقاً لأحكام هذا القرار بقانون.
2. تنظيم ومراقبة استخدامات الطاقة الذرية والأشعة المؤينة.
3. التأكد من توافر شروط ومتطلبات السلامة العامة والوقاية الإشعاعية والأمان والأمن النووي.
4. التأكد من توافر شروط ومتطلبات الضمانات النووية والاستعداد والتخطيط للطوارئ.
5. ضمان توافر خدمات آمنة ومستقرة ودائمة وذات جودة عالية في مجال استخدامات الطاقة النووية والأشعة المؤينة.
6. رفع كفاءة وتطوير أداء الكوادر الفلسطينية في مجال العلوم والتقنيات الحديثة للطاقة الذرية والوقاية الإشعاعية، وتوفير برامج التدريب والتأهيل المناسبة.
7. تشجيع الدراسات والأبحاث ذات العلاقة بمجال العلوم والتقنيات الحديثة للطاقة الذرية والنووية والوقاية الإشعاعية.