يمارس رئيس الهيئة الصلاحيات والمهام الآتية: 1. الإشراف القضائي والإداري على جميع منتسبي الهيئة. 2. تدقيق الأحكام القطعية، والمصادقة عليها وفقاً للقانون. 3. رئاسة مجلس هيئة قضاء قوى الأمن. 4. رفع الأحكام القضائية للقائد الأعلى للتصديق عليها، مشفوعة برأيه. 5. رفع الموازنة المعدّة من قبل المجلس للجهات المختصة. 6. اعتماد الأنظمة واللوائح الناظمة لعمل الهيئة، ورفعها للجهات المختصة لإصدارها. 7. تمثيل الهيئة لدى الجهات والمؤسسات المحلية والدولية. 8. اعتماد الهيكلية السنوية للمحاكم والنيابات العسكرية المعدة من قبل المجلس، ورفعها للقائد الأعلى للمصادقة عليها. 9. تشكيل لجان تحقيق داخلية. 10. أي صلاحيات مقررة بموجب القوانين النافذة.