تضع الوزارة القواعد والأنظمة اللازمة لمنع تلوث البيئة البحرية وحفظها والسيطرة عليها من كل ما ينتج عن الأنشطة المختلفة التي تقع في المنطقة الاقتصادية الخالصة أو الجرف القاري أو قاع البحار التي تخضع للولاية الفلسطينية.