تتكون الموارد المالية للهيئة مما يلي:

1.الرسوم المترتبة على منح تراخيص المشاريع.

2.رسوم طوابع الإيرادات التي تدفع نتيجة التعامل في الاستثمار.

3.الغرامات المالية التي تتحصل لها وفق أحكام القانون.

4.المنح التي تقدمها الدول والمنظمات الدولية والمنظمات الدولية غير الحكومية المحلية والأجنبية.