تورد جميع مدخولات وإيرادات الهيئة إلى حساب خاص بوزارة المالية يتبع حساب الخزينة العام، وتخصص للهيئة موازنة خاصة ضمن الموازنة العامة السنوية للسلطة الوطنية تكون جميع نفقات الهيئة من خلالها.