يجب على المؤسسة الالتزام بفصل النفايات ووضعها في عبواتها الملائمة، والتأكد من عدم اختلاطها ببعضها البعض في أي حال من الأحوال وفق الإجراءات الآتية: 1. أن تتم عملية الفصل والفرز والتعبئة في مصدر إنتاج النفايات. 2. توفير الأعداد والكميات الكافية من الأدوات اللازمة لجمع النفايات مع مراعاة توفير الألوان والأحجام التي تتناسب مع نوع وكمية النفايات المنتجة. 3. توفير العبوات الملائمة لفصل النفايات في مصدر إنتاجها تكون متوافقة مع دليل إدارة النفايات المصادق عليه من الوزارة. 4. يمنع تعبئة العبوات بأكثر من %75 من سعتها مهما كان نوع النفايات او العبوات المستخدمة. 5. إغلاق العبوات بإحكام بشكل يمنع تساقط او تسرب او خروج النفايات منها، من خلال ربط العنق أو باستخدام الشرائط البلاستيكية اللاصقة أو باستخدام الأكياس البلاستيكية ذاتية الإغلاق، ويمنع إغلاق الأكياس بالمشابك أو الملاقط المعدنية. 6. في حال حدوث خطأ في فرز نوع من النفايات بوضعها في عبوة غير مخصصة لذلك النوع من النفايات، فيمنع تصحيح الخطأ ويترك الوضع على ما هو عليه، على أن يذكر نوع هذه النفايات على تلك العبوة. 7. في حال تعبئة النفايات العادية في عبوة مخصصة للنفايات الطبية، فيجب معاملة هذه النفايات معاملة النفايات الطبية. 8. يمنع تراكم عبوات النفايات الممتلئة في أماكن إنتاجها، و تجميعها أو وضعها في الممرات والردهات أمام المارة والزوار. 9. يجب وضع علامة على كل عينة يتم إرسالها من الأقسام المختلفة إلى مختبر التحاليل تبين مصدر العينة وطبيعتها ودرجة خطورتها حتى يتم التعامل معها ومعالجتها والتخلص منها. 10. تنقل النفايات بعربات خاصة إلى وحدة معالجة النفايات أو مكان التخزين المؤقت داخل المؤسسة. 11. استبدال العبوات التي تم جمعها بعبوات جديدة مباشرة.