تختص الوزارة بصلاحية الرقابة والاشراف على المؤسسات، وذلك من خلال القيام بالمهام الآتية: 1. ضمان قيام المؤسسة بجميع المراحل الخاصة بإدارة النفايات منذ جمعها حتى تسليمها للناقل وفق أحكام هذا النظام. 2. إتخاذ التدابير العاجلة والوقائية اللازمة لتفادي الأخطار التي قد تنتج عن سوء التعامل مع النفايات والحيلولة دون تفاقمها وإستمرارها. 3. مراقبة نشاط المؤسسة والتأكد من تطبيق أحكام اللوائح والأنظمة الداخلية للمؤسسة. 4. إتخاذ كافة الاجراءات اللازمة لمتابعة المؤسسات المخالفة. 5. تقديم النصح والإرشاد للمؤسسات الطبية فيما يتعلق بتطبيق أحكام هذا النظام.